根据汉语缩句的规则，缩句时需要保留句子的核心成分，即主语、谓语和宾语。原句“发自肺腑的呼唤唤醒了病床上的儿子”中：

主语是“发自肺腑的呼唤”（偏正短语，可简化为“呼唤”）；

谓语是“唤醒了”；

宾语是“病床上的儿子”（定中短语，可简化为“儿子”）。

因此，缩句后的句子为“呼唤唤醒了儿子”。这种缩写方式符合汉语表达习惯，去除了修饰成分，保留了句子的主要意义。