环保立案调查流程可分为以下几个阶段，综合多个权威信息源整理如下：

一、立案前阶段

线索接收

环保部门通过举报、投诉或自行发现环境问题线索。

初步审查

对线索进行核实，判断是否满足立案条件：

- 违法事实是否清楚；

- 证据是否确凿；

- 是否属于本部门管辖；

- 违法行为是否在2年时效内。

二、立案阶段

正式立案

符合条件的线索将进入正式立案程序，需填写《立案登记表》，明确案件基本信息、违法事实及管辖部门。

案件编号与档案管理

对案件进行编号、建立档案，并指定承办人员负责后续调查。

三、调查取证阶段

现场调查

组织专业人员到现场进行勘查、取样监测（如检测污染物成分、浓度）、录像拍照，收集书证、物证及证人证言。

证据保全

对可能灭失或难以取得的证据进行先行登记保存，确保证据链完整。

四、审查与处理阶段

证据分析与评估

对收集的证据进行整理分析，评估违法情节严重程度及社会影响。

处理决定

根据调查结果，作出以下处理：

- 责令整改；

- 行政处罚（如罚款、吊销许可证）；

- 移送司法机关（如涉嫌犯罪）。

五、后续监督阶段

整改监督

要求当事人限期整改，环保部门对整改措施进行跟踪检查，确保问题得到有效解决。

结案与归档

处理措施执行完毕后，案件结案并归档，完成整个立案调查流程。

法律依据与注意事项

时效要求：

违法行为需在2年时效内发现（法律另有规定的除外）；

程序规范：调查需遵循法定程序，保障当事人陈述申辩权，确保证据合法性；

部门协作：涉及其他部门管辖的，需及时移送处理。

以上流程需结合具体法律法规（如《环境保护行政处罚办法》）执行，确保执法公正与效率。