生物分类的阶层系统是基于生物之间的相似性和亲缘关系形成的。具体来说，这个系统是根据以下几个原则逐步构建的：

分类的基本单位：

生物首先被根据其基本特征和相似性分为不同的等级。最初，这些等级包括种、属、科、目、纲、门和界。其中，种是最基本的分类单位，代表了一群彼此能够自然交配并产生可育后代的个体。

阶层性原则：

生物分类具有明确的阶层性，各级分类单位相互独立且层次分明。从最低级的种到最高级的界，每个分类单位都包含了一系列具有相似特征的生物。

稳定性和可变性原则：

生物分类系统在反映生物稳定性的同时，也考虑到了生物在演化过程中的变化。随着科学技术的进步和研究方法的改进，分类系统会不断调整和更新，以更好地反映生物的进化关系。

分类群的排列：

生物体首先根据一定的相似性被识别并归类，这些类群再进一步组成更大、更包含的类群。这个过程反复进行，直到所有的生物体都被纳入一个单一的、最大且最包含的类群中。分类群的排列顺序反映了它们之间的包含关系，从最少包含的类群（如种）到最多包含的类群（如界）。

分类阶元的命名：

每个分类群都被赋予一个名称，这个名称是根据其所属的阶元不同而定的。例如，蔷薇目、桃金娘目、锦葵目都属于“目”这一分类阶元，而蔷薇科、桃金娘科、锦葵科则属于“科”这一分类阶元。

综上所述，生物分类的阶层系统是通过对生物的相似性和亲缘关系进行逐级分类而形成的。这个系统不仅反映了生物之间的亲缘关系，还体现了生物在演化过程中的变化和稳定性。随着科学技术的进步和研究方法的改进，这个分类系统也在不断更新和完善。