《穿越西元3000后》单行本主要讲述了少女叶冰瑶穿越到西元3011年的冒险故事，核心情节如下：

穿越事件

叶冰瑶与好友卫小桔在山洞探险时，因触发神秘装置失去意识，醒来后发现自己穿越到未来世界，赤裸且被当作机器人控制。神秘人葳斯基（地球联军上将）企图用激光锯验证其身份，幸得离博士（未来科学家）及时干预，叶冰瑶得以幸存。

身份危机与真相揭露

叶冰瑶被误认为外星机器人，被迫参与实验。离博士调查后揭示真相，叶冰瑶洗脱冤屈。这一过程中，她结识了离博士、葳斯基等关键角色，并逐渐揭开未来世界的秘密。

跨越时空的情感线

故事后期展开跨越千年的爱恋，叶冰瑶与葳斯基之间的情感纠葛成为主线。同时，涉及神秘组织COUR、诸神之泪等伏笔，为后续剧情埋下伏笔。

结局与背景设定

单行本以叶冰瑶的命运转折为核心，结合科幻元素（如激光锯、外星机器人）和悬疑情节，展现未来世界的科技与冲突。背景设定融合了地球与外星文明的碰撞，充满想象空间。