《穿越西元3000后》是一部以科幻为背景的漫画，主要讲述了生活在西元2011年的少女叶冰瑶在一次学校露营时，因意外穿越到西元3000后的故事。在这个未来的世界里，人类经历了核战争，地球遭受了毁灭性的灾难，许多物种发生了基因变异，地球上出现了各种恐怖的怪物。2600年代以后，人类在地球上重建家园，同时大量向火星移民。火星殖民地的政权逐渐落入到一个被称为cour（人头牌）的科技精英组织手中。

叶冰瑶在一次学校露营时，与好友卫小桔发现一个山洞中闪出丝丝绿光，决定前去探险。在山洞中，她们发现了一个神秘的现象，叶冰瑶在尖叫中失去了意识。醒来后，她发现自己身处一个未知的地方，并且是裸体的。面前有一位面无表情手拿着枪的神秘帅哥（葳斯基），他将叶冰瑶误认为是火星来的机器人，并命令手下控制她的行动。叶冰瑶在机器手中再次失去意识。当她再次醒来时，发现自己已被控制，而神秘帅哥正拿着电锯准备将她解剖，以证明她是机器人。就在这时，一个温和的帅哥博士（离博士）出现，以要调查叶冰瑶为由，制止了葳斯基的行动，从而救下了她的命。

此外，漫画中还提到了2011年后的简要历史，描述了人类在核战争后的生存状况和火星殖民地的科技发展。故事中还涉及了一些特定的世界线和角色，例如“初恋的病”中的青梅竹马故事。

总体来说，《穿越西元3000后》通过叶冰瑶的穿越经历，展现了一个充满科幻色彩和想象力的未来世界，同时也探讨了人类在灾难后的生存和发展。