关于《穿越西元3000后》的结局，不同来源存在差异，以下是综合整理：

一、主线剧情结局

叶冰瑶与葳斯基的归宿

叶冰瑶在对抗红色精灵时芯片失控，形成时空隧道回到原时空。葳斯基穿越隧道与她相遇后，两人成为男女朋友并决定共同回到未来。部分剧情暗示他们可能开启新生活，但具体细节未明确说明。

玲美真面目的揭露

叶冰瑶与葳斯基发现玲美记忆被篡改，实际为火星间谍。两人联手揭露其真面目，并在战争中配合释放恶魔之子能量击败火星军。战后，葳斯基因需喝血被背离发现，叶冰瑶给予解药，两人最终回到四季城堡，葳斯基向叶冰瑶求婚。

二、其他角色结局

葳斯基下属：

菲戈中将、路易少将等高级下属被姬怜美、05/06偷袭致死；梵克（职务不明）存活但未明确退场。

其他角色：季风之隐、姬怜美、红莲等反派角色在故事后期仍有活动，但具体结局未详细描写。

三、作品状态

该作品目前仍在连载中，部分剧情存在开放性结局。例如：

叶冰瑶与葳斯基的时空装置需长时间修复，具体时间未明确；

离博士留下的时空装置与主线剧情关联，但后续发展未完全揭示。

四、读者反馈

不同读者对结局存在争议，部分读者认为故事结局较为模糊，甚至存在多版本可能。建议关注官方后续更新以获取准确信息。

综上，主线结局以叶冰瑶与葳斯基的团聚为核心，但部分细节仍待官方进一步阐释。