关于刘基的死因，历史记载和后世研究存在不同说法，但综合权威资料可得出以下结论：

一、主流历史记载

胡惟庸下毒说

多份史料明确记载，胡惟庸在刘基因病期间，指使医生在药中下毒，导致刘基服药后病情急剧恶化并死亡。明朝《明史》和《明太祖实录》均提及此事，且胡惟庸在刘基死后供认不讳。

朱元璋指使说

少数记载推测朱元璋可能指使胡惟庸下毒，但缺乏直接史料支持，主要基于朱元璋多疑性格的假设。

二、争议焦点与疑点

刘基自身健康问题

刘基晚年确实存在肢体不便（如左臂瘫痪、行走困难）和视力障碍，部分记载认为其病入膏肓，可能加速死亡。但结合胡惟庸的动机和行动，仍以他为主谋更符合史实。

历史记载的局限性

官修史书《明太祖实录》因朱元璋主导编纂，可能存在避讳或篡改，其记载需结合其他史料综合判断。

三、结论

综合权威史料和历史逻辑， 胡惟庸指使医生下毒是刘基死亡的主因。这一结论得到《明史》《明太祖实录》及多数历史学者支持。刘基之死不仅是个人悲剧，也反映了明朝开国初期权力斗争的残酷性。

（注：本文结论基于高权威性史料，胡惟庸下毒说具有更强的证据链和历史逻辑性。）