河流断流的自然原因主要包括以下几点：

降水条件变化：

河流的降水条件随季节变化较大，在枯水期时河流容易断流。此外，气候变暖导致极端气候加剧，干旱日数增多，也会影响河流的水量。

气候异常：

厄尔尼诺现象等气候异常现象会导致某些年份降水量显著减少，从而影响河流的水量，甚至引发断流。

气温升高：

气温升高会导致河流水蒸气蒸发增加，从而减少河流的径流量，尤其在干旱地区更为明显。

大气环流：

大气环流的变化也会影响降水量分布，进而影响河流的水量。

冰雪融水：

对于依赖高山冰雪融水的河流，冬季气温低时，冰雪融水量减少，河流径流量显著下降，可能出现断流现象。

干旱和半干旱气候：

在干旱和半干旱地区，降水量少且蒸发量大，河流的水量自然难以维持，容易发生断流。

沙化问题：

河流流经的沙化地区，河水含沙量大，河道淤积严重，也会影响河流的流量和畅通性。

综上所述，河流断流的自然原因主要与气候、降水、气温、大气环流、冰雪融水以及沙化等问题有关。这些因素共同作用，导致河流在特定条件下出现断流现象。