刺马案，即清同治九年（1870年）发生的刺杀两江总督马新贻的案件，其主谋并非曾国藩。以下是一些关键证据和背景信息：

曾国藩的参与：

虽然曾国藩在刺马案发生后被派去主持重审，并且有观点认为他阻挠和干扰了郑敦谨的审讯，但这并不能证明他是主谋。实际上，曾国藩在案发后表现出的不关心案情真相，反而多次对郑敦谨的审讯行为进行阻挠和干扰，这可能是出于保护自己和湘军利益的本能反应。

湘军的影响：

湘军作为当时清廷军事力量的中坚，其高层将领与马新贻之间的矛盾可能激化了案件。马新贻在担任两江总督后，可能触动了湘军的利益，导致湘军内部有人产生不满和报复心理。

慈禧太后的角色：

有观点认为马新贻赴任两江总督得到了慈禧太后的密令，命令他暗中彻查太平军宝藏的下落。曾国藩作为湘军首脑，可能为了阻止宝藏的事情大白于天下，从而保护整个湘军一脉的利益，选择了杀马新贻灭口。

其他政治势力的介入：

刺马案背后可能还涉及到其他政治势力的介入，这些势力可能与湘军有千丝万缕的联系，或者出于其他政治目的，希望马新贻被刺杀。

综上所述，虽然曾国藩在刺马案中扮演了重要角色，但并没有确凿证据证明他是主谋。刺马案的主谋可能是湘军内部的不满势力，或者是其他政治势力的阴谋。