司马懿家族的灭亡是由东晋末代皇帝刘裕主导的，具体过程如下：

一、时间线梳理

西晋灭亡与五胡乱华

公元311年，匈奴人刘聪攻陷洛阳，俘虏晋怀帝司马炽，导致大量司马家族成员被杀。西晋随后灭亡，进入五胡乱华时期，中原地区陷入长期战乱。

东晋末年的清算

公元420年，东晋末代皇帝晋恭帝司马德文被刘裕废黜并杀害，刘裕建立刘宋王朝。为彻底铲除司马氏复辟的隐患，刘裕展开大规模诛杀行动。

二、刘裕的灭族行动

目标与手段

刘裕以“清君侧”为名，对司马氏家族进行无差别屠杀，包括老幼妇孺，几乎全族被诛杀。- 结果

司马懿后代在此事件中基本被消灭，司马家族的统治彻底终结。

三、历史背景与影响

司马家族的过错

司马懿通过高平陵之变篡权后，历经三代积累权力，但其子司马昭弑君篡位、背信弃义的行为进一步激化了矛盾。- 历史评价

刘裕的灭族行为被后世视为极端手段，但也是维护中央集权、防止权臣篡权的极端措施。司马家族因此成为历史上唯一被灭族的皇族。

综上，司马懿家族的灭亡是多代积累与东晋末年政治动荡共同作用的结果，而直接责任人则是刘裕。