东晋在其存在的一百多年时间里，通过军事行动消灭了以下国家：

成汉：

成汉是由巴氐人李雄建立的政权，主要地盘在四川以及云南和贵州的一部分。东晋在公元347年派出大将桓温攻占成都，灭掉成汉，并在两年后彻底消灭了其残余势力。

南燕：

南燕是由鲜卑慕容德建立的政权，地盘大致在山东一带，包括河南的一部分。东晋在义熙六年（410年）由太尉刘裕亲率大军攻陷燕国都城广固，俘虏了南燕皇帝慕容超，从而灭亡了南燕。

后秦：

后秦是由氐族人姚兴建立的政权。东晋在义熙十三年（417年）由太尉刘裕率军攻破潼关，围攻长安，后秦皇帝姚泓举国投降，后秦覆灭。

这些军事行动使得东晋在南方稳固了政权，并对北方的十六国时期产生了重要影响。