《穿越西元3000后》的大结局存在不同说法，主要因作品版本和剧情分支差异，具体如下：

主流结局（叶冰瑶与葳斯基团聚）

叶冰瑶在对抗红色精灵时因芯片失控穿越回原时空，与葳斯基·卡列金重逢并发展为恋人。两人决定共同回到未来，结局以时空穿越收场。

外传版本结局（小鸢留西元3000年）

若参考外传内容，A国皇帝因原世界毁灭，让主角小鸢留下重建家园。她获得魔法书，承担保护广寒宫和重置时光的责任，但未提及叶冰瑶与葳斯基的后续。

未完结争议

部分早期信息显示该漫画未完结，结局未正式公布。但根据2025年最新权威来源，作品已完结，上述两种结局为不同版本或剧情分支的呈现。

总结：

若以主线剧情为准，叶冰瑶与葳斯基团聚并回到未来；若考虑外传或特定版本，小鸢可能留在西元3000年。建议通过官方发布的完整版内容确认具体结局。