神舟电脑自营店产品下架的主要原因涉及与京东的货款纠纷，具体可分为以下三点：

一、核心纠纷：京东拖欠货款

2020年2月，神舟电脑因北京京东世纪贸易有限公司拖欠3.383亿元货款，向北京第二中级人民法院提起诉讼。诉讼原因是京东未按协议支付货款，并采取了一系列措施追讨欠款。

二、京东的“五大酷刑”措施

为追讨欠款，神舟电脑指控京东采取以下强制措施：

产品搜索降权：

在京东平台及搜索结果中屏蔽神舟产品；

禁止参与活动：

不允许神舟产品参加任何促销或广告活动；

缺货不补货：

缺货产品不予补货；

全线下架：

自营店所有神舟产品被强制下架；

货款结算暂停：

拒绝结算未付款项。

三、其他背景信息

双11纠纷：双方争议焦点涉及2019年双11期间京东强制要求神舟二选一（即禁止其参加天猫双11活动），并擅自降价销售；

疫情影响：2020年初疫情加剧了中小企业现金流压力，但双方纠纷本质仍为商业纠纷。

总结

神舟电脑自营店下架是双方货款纠纷的直接结果，京东通过断货、降价等手段追讨欠款，而神舟则通过法律途径维权。目前双方仍需通过协商或法律途径解决争议。