纪昀的祖籍存在两种说法，需结合权威信息综合判断：

应天府上元县（今南京栖霞区）

多份高权威性资料明确记载，纪昀的祖籍为应天府上元县，且其家族在明永乐二年（1404年）因“迁大姓实畿辅”迁至河北献县。

迁徙背景补充

纪家因明成祖朱棣的迁徙政策，自1404年起逐步北迁，至清代时已北迁十四世，最终定居献县。

结论：

纪昀的祖籍为应天府上元县（今江苏南京），后因家族迁徙政策迁至河北献县。